北京农学院的前身河北省通县农业学校,创建于1956年。1958年,河北省通县农业学校与北京市农业合作干部学校合并,更名为北京市农业学校。1965年,北京市在北京市农业学校的基础上建立半农半读的北京农业劳动大学。1978年,经国务院批准更名为北京农学院。学校现占地面积约1000亩,包括校本部、东校区、北校区、大学科技园市场。另外,学校建有千亩大学科技园农场、万亩大学科技园林场。学校先后被授予北京市花园式单位、北京市文明校园、首都文明单位标兵、全国文明单位等称号。
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根据北京市教育委员会关于《北京高等学校高水平人才平交叉培养计划》(京教高2015[1]号)文件精神,自2015年起实施北京市属高校与在京中央高校双方共同培养优秀学生的“双培计划”。“双培计划”人才选拔计划列入北京市属高校高招计划,向北京各区投放指标。结合学校人才培养实际,北京农学院部分专业列入“双培计划”。